1. 実質基準
   1. その役員の職務の内容、職務に従事する程度及び経験年数
   2. その医療法人の収益状況、規模等
   3. 使用人に対する給与の支給状況
   4. その医療法人と規模及び収益状況等が類似する他の医療法人の役員に対する報酬の支給状況等
2. 形式基準

   定款又は寄附行為の規定、又は総会の決議により報酬として支給することができる限度額を定めているときは、その限度額を超えて支給されたかどうかの判定（従って、定めていない場合は形式基準の適用はない） 1.総収入額、2.粗利益率、3.個人換算所得、4.使用人給与の最高額の4項目について、同規模同業種法人の実態を横並びで比較して判定する。

1. 青色申告書を提出する、医療保険業を営む法人が取得等をしたもの
2. 昭和54年4月1日から平成23年3月31日までの間に取得した新品の医療用の機械装置並びに器具備品で、直接医療の用に供されているもの
3. 上記の医療用機器等の1台又は、1基の取得価額が500万円以上のもの

特別償却限度額＝取得価額×14%

非課税となる医療等

社会保険医療（患者の一部負担金を含む）
特定療養費の支給に係る医療
公費負担医療
自賠責（任意保険、実費）を含む
労災、公害（差額ベッド代など、一部課税の場合あり）
療養費の支給に係る療養（付添看護、移送、治療用装具、緊急の一般診察）
柔道整復師、鍼灸師、マッサージ師の行う療養費の支給にかかる施術
介護保険サービス、社会福祉事業等で一定のもの

課税となる医療等

差額ベッド代、歯科材料差額他
療養費の支給外
予防接種、老人保健事業の健康診査等
人工妊娠中絶
健康診断（健康診断書作成料を含む）
その他の自由診療（美容整形、歯科自由診療）
柔道整復師、鍼灸師、マッサージ師の行う療養費の支給外の施術

一般医療法人

普通法人と同じ

特定医療法人

法人税割 … 法人税が軽減されるため課税標準も軽減される。さらに、税率が軽減される場合もある。
均等割 … 資本等を有しない法人として税率表の最低金額の納付

1. 配当還元方式の適用がない（剰余金の配当が禁止されているため）
2. 類似業種比準方式における比準要素が、1株当たりの利益金額と1株当たりの簿価純資産価額の2つであること。
3. 純資産価額方式において株式の取得者と同族関係者の有する株式の合計数が発行済株式数の50%未満である場合の「純資産価額×80%」評価についての適用がないこと。